Die Array-Tomographie ist ein Verfahren, mit dem 3D-Datensätze ultra- oder semi-dünner Schnitte einer Gewebeprobe erfasst werden können. Die Probe wird hierfür mit einem Ultramikrotom geschnitten, die Schnittserie auf einem Substrat gesammelt und anschließend mit einem REM aufgenommen. Je nach Forschungsprojekt sind kleinere oder größere Schnittserien erforderlich, um die gewünschte Region vollständig zu rekonstruieren.

Im Vergleich zu SBFSEM und FIB, ist die Array-Tomographie eine nicht-destruktive Technik. Gesammelte Schnittserien können eingelagert werden, und zu einem späteren Zeitpunkt erneut - falls gewünscht - mit unterschiedlicher Auflösung, an anderen Regionen und ggf. mit anderen Techniken aufgenommen werden. Zudem ist eine Nachbehandlung der Schnitte, wie z.B. eine Nachkontrastierung mit Schwermetallen oder Fluoreszenzmarkierung für korrelative Licht- und Elektronenmikroskopie (CLEM), möglich.